墨尔根城，是我国历史上北方著名的历史古城，与黑龙江城(即瑷珲城)一并被称为清代东北边疆“边外七镇”之一，是边陲进入内地咽喉要道，也曾是黑龙江将军和墨尔根副都统驻地。《盛京通志》称其“北负群山，南临沃野，江河襟带，上下要枢”。

　　墨尔根城因墨尔根而得名。墨尔根的由来，历史上说法不一。一说墨尔根(又作木里吉)，是满语“射生好手”或蒙语“善射之优者”，均为“善于打猎的人”或称为“有智慧的人”。表示居住此地的人是以“打牲”为生的；二说墨尔根，是来源于嫩江城东一里处的墨尔根河，源出平野，北入嫩江，故以河名为“墨尔根”；三说墨尔根，是康熙初年在此地挖井，偶得一块石头，其表面为唐代时的镌刻“莫来垦”，后相传音讹墨尔根。此说迎合了清政府一向认为：东北乃是其祖宗“肇迹兴旺之地”的垦荒政策，实为清政府实施封禁垦殖政策的借托。另外，墨尔根还是高贵的称号，清朝开国元勋多尔衮就被封为“墨尔根代青”(汉语为睿亲王，意为“英明的统帅”)，清廷规定：众人必须如此称呼，否则男人就要被罚摘掉他佩戴的刀箭，女人就要被罚当众脱掉裙子。

　　1683年(康熙二十二年)为抗击沙俄哥萨克对黑龙江流域的侵略，清政府决定“永戍黑龙江”，并自黑龙江城至吉林乌拉设置经过墨尔根的驿站，设索伦总管驻此。1684年(康熙二十三年)第一次雅克萨自卫战胜利后，清军把雅克萨城焚毁后，班师回到瑷珲城。按照清康熙帝的旨意，以副都统温岱、那秦驻守黑龙江城，萨布素移驻墨尔根，建城防御，墨尔根城的筑城结构、规模仿照黑龙江城而建。1685年(康熙二十四年)墨尔根城筑毕并设兵驻守。墨尔根城面积一点零四平方公里，该城为内城、外郭建制，内城垣外以松木为栅，内填土夯实，高一点八丈，宽一丈，周长四百五十四丈。上设女儿墙，四角各建一座角楼；外部以土为垣，周长八点五里，东、西、南边各设一门，北设两门。1686年(康熙二十五年)清政府户部委官监看屯种墨尔根、达虎里、索伦官兵，耕田达一千六百六十垧。此后，墨尔根城设置八旗、水师营、官庄、驿站等，人丁始旺。早期驿站的站民多由戍卒子弟、三藩旧部人员和流人组成。民风遗俗淳厚、人性朴实。一夫力作，数口仰食而有余。而炊饪、浣汲、舂之事，妇女并习勤苦。旗营、屯站各安生业，皆结茅为舍，栅木为墙。“土著人架木覆茅，妇子合作，戚友之能匠事者，助而不佣。”夜不闭户，无盗贼之患；路不拾遗，无掠抢之虞。墨尔根城安享乐业达二百年。

　　1690年(康熙二十九年)“以墨尔根居两镇中间，首尾易制”为由，黑龙江将军衙门自瑷珲移驻墨尔根城，并移驻副都统一员，佐领、骁骑校各八员，水师营各员和满洲兵五百员。墨尔根城增置协领四员，佐领、骁骑校各7员，索伦、达斡尔兵420人。始建将军衙门公署11栋32间，将军府署6栋22间，八旗档案房8间，税课司3间，仓库司2间，演武厅3间，守城房8间，嫩江航运看船坊2间，银库及看守房5间，器物库6间。这一时期，衙署及官邸等建筑，多为磨砖对缝，前出檐，后出梢，门前置台阶的建筑形式。此时耕田已达2000余垧，后设置官庄11处。1691年(康熙三十年)还将鄂温克、达斡尔15佐领，兵900名编入墨尔根八旗，足见战略地位之重要。

　　1699年(康熙三十八年)冬黑龙江将军衙门由墨尔根迁往卜奎(今齐齐哈尔)后，墨尔根城专设副都统镇守。1780年(乾隆四十五年)墨尔根官庄增至45处，垦地1500垧。1864年(同治三年)划西北察尔巴奇山及以西的兴安岭归布特哈总管所属。1882年(光绪八年)划东境一部分归兴安城管辖，于境内兴安城西太平湾筑成，增设副都统衔兴安城总管，专管鄂伦春。墨尔根副都统总面积达71225平方公里。

　　在清政府反击沙俄侵略的雅克萨自卫战中，墨尔根不仅是后勤补给运转基地，而且是奏捷驿路的起点，也是由吉林经墨尔根到达黑龙江城的北路驿站的枢纽。从墨尔根到雅克萨之间就有500名蒙古兵负责传递军情，收复雅克萨城后，从此地出发仅用11天的时间，就将捷报送到了康熙帝手里。墨尔根要冲之地和特殊的区域中心的位置，使之成为黑龙江将军、副都统衙门所在地。在萨布素将军和42位副都统管理期间，它始终具有很高的政治、军事地位，最多时曾驻有水师及马步军3000余人，墨尔根城曾经显赫一时。

　　黑龙江将军、墨尔根副都统担负着巡边查界、守卫疆土的重要职责。每年五月，墨尔根副都统派遣麾下驻防协领率百人会同卜奎、瑷珲副都统巡边，上至鄂尔古纳河以西察视东岸沙草，检查是否有牧痕、越界入侵事件。往返各五六十日。黑龙江将军、墨尔根副都统每次上任则须进行巡边。从墨尔根城出发，渡过诺尼江，西北过兴安岭，逢山则伐树开路，渡河则折木为筏，马凭水以过。至界碑处举行祭告山川仪式后，随取上年留存标记，并新记巡视之事。“各书衔名日月于木牌，以备后来考验，此为定例”。巡边结束即汇总有关情况，成文逐级上报墨尔根副都统、黑龙江将军、理藩院及皇帝。

　　清代的墨尔根城由于战略地位的重要，经济、文化、教育也得到较快发展，成为中俄贸易通道中的主要集散地和中转站。每年深秋，俄罗斯商团近百人经墨尔根前往卜奎进行交易，以所携马牛、皮毛、玻璃、佩刀之类物品，换取缣布、烟草、姜椒、糖饴诸物。嫩江东部、北部的各族民众和俄罗斯人过墨尔根城前往卜奎，嫩江上游的木材也顺流而下在此销售。史载“轮蹄络绎，皮币山积，牛马蔽野。”

　　墨尔根是“黄金之路”的起点。清朝民族实业家李金镛以此为基地，修桥筑路北向至漠河，始创“黄金之路”。1888年10月民族实业家李金镛带领员司、兵弁几十人，由墨尔根沿清代康熙年间征剿罗刹时的旧驿道，披荆斩棘，伐木以进，途经三十六天，历尽艰辛，始达漠河。并在老驿道的基础上，修筑了一条设三十三个驿站、长达近二千里的驿道，北上漠河开发黑龙江上游老金沟金矿，开辟了“黄金之路”。1889年始清朝宫廷每年从此金矿获取黄金3万余两，1895年获黄金高达5万两。一锭锭黄金都是从此运往京城的，为当时风雨飘摇、财政拮据的晚清王朝做出了巨大贡献。

　　墨尔根是黑龙江最早官学设置之地。1695年(康熙三十四年)黑龙江将军萨布素奏请，在墨尔根城八旗左右翼各建一学，设助教官，清政府于“墨尔根城设义学二所，于新满洲锡伯、索伦、达呼尔及进貂皮达呼尔等，每佐领下选取俊秀幼童各一人，入学读书”。八旗官学以学习满文为主，辅之以骑射。宗教文化传播在当时也很盛行，到处设坛建庙，城内先后建起了先农坛、大佛寺、文昌阁、观音庙、万寿宫、土地祠等。康熙年间，在城东南隅就建有文庙，这是黑龙江最早的文庙。墨尔根除极少数八旗官学满文、骑射外，通晓经史文章者少之又少，后中土流人谪居塞外，始布传汉之文风，当时曾有描写横渡嫩江的竹枝词(民歌)就写到“桦船携趁渡头忙，往来轻飞逐鸟翔。收拾烟波人散后，一肩帆影荷斜阳”。在“庚子俄难”期间，沙俄侵略者将墨尔根城付之一炬。