瑷珲的名字源于附近的瑷珲河。瑷珲又有“艾辉”、“爱乎”、“艾虎”、“艾浒”等多种称谓，皆为达斡尔语译音。汉语的意思是“可畏”。

　　瑷珲城历史悠久，作为抗击沙俄侵略者的前沿阵地和桥头堡，历经风雨和战火考验，几经变迁，毁而复建。最早的瑷珲城建于明朝永乐年间，永乐皇帝为应对元朝残余势力之间的斗争，在黑龙江左岸精奇里江与黑龙江汇合处的下游一带，今俄罗斯维谢雪村附近，筑起了隶属奴尔干都司的忽里平寨。1674年(康熙十三年)为巩固东北边疆，遏制沙俄的侵略活动，清政府分吉林水师营移驻黑龙江，并在忽里平寨旧址筑城，史称瑷珲城。

　　为实现康熙帝提出的“备足军食，永戍黑龙江”的战略意图，1683年(康熙二十二年)清政府设立黑龙江将军衙门，任命宁古塔副都统萨布素为黑龙江将军驻守瑷珲城。随后，萨布素率领兵丁对城池重新进行了修筑。瑷珲城方圆九百四十步，设五门。内城以草垈垒砌，两米多高。各城门安置带车轮的大炮两门，城外环以两米多深的壕沟，壕沟外又围以一米多高、二米多厚的木桩。翌年该城竣工。虽然此城规模较小且比较简陋，然而因其军事地位重要，共有2000兵丁驻守，粮食、给养和武器均来自吉林和宁古塔。这是清军在黑龙江流域建造的第一座驻防城，也是唯一建在黑龙江左岸的驻防城。

　　1684年，萨布素上奏康熙帝，因瑷珲城僻处江左，往来交通不便，拟在江右下游距离瑷珲城12里地方筑城。随后，清政府派奉天副都统穆秦率领盛京兵600人抵达黑龙江，协助萨布素建筑新城。新城位于黑龙江右岸原达呼尔族城堡——托尔加城旧址上，城方圆一千三百尺，高一丈八尺，门四，内植松木围墙，中实以土。西南北三面，植木为郭，城外掘设双壕。设南一门，西北各两门，东临江，周围十里。该城4月11日开工建设，当年6月25日竣工建成。为区别江左瑷珲城，史称江左瑷珲城为旧瑷珲城，称江右瑷珲城为瑷珲新城。瑷珲新城不论在城池周长、城郭面积、城池设施上，还是交通便利上，都较旧瑷珲城改善了很多。康熙年间，瑷珲新城内城在西部建有演武厅，作为演练武艺之地。内城东南角还建有如城隍庙、文庙等庙宇，后陆续建设了龙王庙、真武庙、关帝庙、大佛寺、魁星楼等。

　　瑷珲城外城多为住宅和商铺，设有永积仓、船库、军营、火药库等，还有税局、街道厅等机构。贯穿内外城的南北大街是瑷珲新城的商业区，商铺大多设在此街。对于这条大街，俄国人马克在《黑龙江游记》中有过生动的描述：“我们走出要塞大门后，一条相当长而又宽阔的大街立刻展现在眼前，这条街与河岸平行延伸着，大街两旁有许多小巷和另外一些街道，几乎每栋房子临街的一面都是店铺，每个店铺都写有花花绿绿的汉文和满文招牌，而在木杆上还飘扬着用纸剪成的各种各样的图形，三角旗和龙，所有这些，都使市街显得十分奇特。”

　　1685年(康熙二十四年)7月，清政府在取得了第一次雅克萨战争胜利后，遂班师回瑷，黑龙江将军衙门即从江左移驻江右瑷珲新城。因该城濒临黑龙江被称为“黑龙江城”，成为黑龙江将军和黑龙江副都统的驻地。1690年(康熙二十九年)黑龙江将军移驻墨尔根城(今嫩江县)，瑷珲城遂成为黑龙江城副都统衙门驻所。在随后的二百多年中，瑷珲城成为清代八旗驻防黑龙江地方的军事基地，功能不断完善，也经过多次修葺完善。至清以前，瑷珲城已发展成为黑龙江沿岸最大的城镇，是黑龙江流域的政治、军事、经济、文化中心。鼎盛时期人口已逾三万，商贾云集。与齐齐哈尔、墨尔根等城成为著名的“边外七镇”，被誉为“江省之重镇、东北之锁钥”。

　　“庚子俄难”爆发后，1900年(光绪二十六年)8月沙俄侵略军从南、北、东三面夹攻瑷珲城，瑷珲城军民在清军将领寿山、凤翔等率领下，用鲜血和生命谱写了抗击沙俄侵略的壮丽篇章，最后因寡不敌众，瑷珲城池失陷。沙俄侵略者将这座具有200多年历史的古城付之一炬，变成一片瓦砾，仅留下魁星楼见证了瑷珲城那段风雨沧桑的历史。

　　1907年(清光绪三十三年)2月姚福升奉命署理瑷珲副都统，收复了瑷珲城。随后，瑷珲副都统姚福升即向黑龙江将军奏报《咨报收复江右地方文》，并提出重建瑷珲城方案。在瑷珲城旧址的西北重建新城，南北长1.65里，东西宽1.41里，周长6.11里。在东、西、南、北各建一座城门，不筑城墙，四周掘壕筑堤。在街内建官署衙门、文庙学堂，街中心建一座钟楼(即治安楼)，在城南门外建一座城隍庙。城东临江留马路街基，南北门外大街两旁均做交易区。副都统衙门官署1907年7月动工兴建，当年11月竣工，瑷珲副都统衙署从西三家屯搬入瑷珲城，瑷珲城再度成为瑷珲副都统衙门驻地。1908年(光绪三十四年)8月瑷珲城变为瑷珲兵备道的所在地。1912年(民国元年)7月瑷珲兵备道改称黑河道，并将道署由瑷珲迁往黑河，黑河成为了黑龙江沿岸重要的政治、经济、文化中心。随后，瑷珲城人口逐年减少，经济逐渐萧条，瑷珲古城逐步失去了往日鼎盛繁荣的风采。