北安市境内河流纵横，主要有乌裕尔河、南北河、通肯河三条中型河流，共有27条主要支流，总长度953km。三大河流均发源于小兴安岭山脉西南麓，多年平均径流总量为10.86亿立方米。乌裕尔河横贯市域的北部，境内主干长98km，西向流入国家级自然保护区——扎龙自然保护区。上游为柳毛沟，左侧有鸡爪河，东轱辘滚河、西轱辘滚河，右侧有小柳毛河、闹龙河、得提河7条主要支流。南北河纵贯市域的东部山区，境内长度为96.5km，北向流入讷谟尔河。因在山脊上，右侧基本无支流。左侧自北向南为北河、鱼亮子河、十八里河、磨聘店河、赵烟官河、北林河、红光河、北小河、腰小河、库里嘎河、南小河11条支流。通肯河位于市域的南部，是与海伦县的界河，向西南流入呼兰河。境内长度为104公里，右侧有四道沟子、五道沟子、六道沟子、七道沟子、八道沟子、九道沟子、十道沟子、十一道沟子8条主要支流。三条河流的特点是：支流较多，河网密布，水源丰富。

　　黑龙江北安省级自然保护区是经省政府2006年10月25日批准建立的，位于北安市行政区域东部，涵盖了北安市胜利林场、四○四林场以及北安市东胜乡部分湿地区域，地理坐标为北纬48°08′37″—48°21′25″，东经126°44′21″—127°09′32″，总面积36505公顷，其中核心区13864公顷，缓冲区13100公顷，实验区9541公顷。

　　黑龙江北安省级自然保护区是以保护乌裕尔河上游及其支流沿岸湿地生态系统、集水区次生森林生态系统为主要保护对象的自然保护区，属自然生态系统类，内陆湿地和水域生态系统类型。保护区内国家重点保护野生植物有：钻天柳、紫椴、水曲柳、黄菠萝、胡桃秋、野大豆等；保护动物有：黑熊、紫貂、青鼬、水獭、马鹿、原麝等。