黑龙江城，即清代瑷珲城，因濒临黑龙江遂称为“黑龙江城”。17世纪40年代由于沙俄侵略者不断侵扰我国黑龙江流域，清政府为阻止沙俄侵略，采取了将沿江居民内迁的政策，将索伦、达斡尔南徙于嫩江之滨，以断沙俄侵略者的生存之源。1682年(康熙二十一年)夏，康熙帝以祭祖的名义，再次出关巡视东北，直至宁古塔将军的驻地吉林乌喇城，了解东北边防情况。同时，派八旗副都统郎谈以捕鹿为名，前往雅克萨周围查看沙俄守城情况。康熙帝巡视东北后，打算“先令乌喇、宁古塔兵往驻瑷珲、呼玛尔”。而宁古塔将军巴海上奏：“瑷珲、呼玛尔距离雅克萨城辽远。若驻兵两处，则势分道阻，难以防御……勘得瑷珲、呼玛尔之间的额苏里地方可以藏船且有田垄旧迹，宜建木城。”1683年(康熙二十二年)时任宁古塔副都统的萨布素奉命率领宁古塔、吉林、乌喇等处八旗官兵“永驻额苏里”。同年9月康熙帝明确下令：“宁古塔兵五六百人、达呼尔兵四五百人，于来秋同家口发往……”然而，萨布素认为“额苏里今年七月即经霜雪。乌喇、宁古塔兵家口，若令来秋迁移，恐地寒霜早，诸谷不获，难以糊口。”同时，上奏朝廷：“从瑷珲到雅克萨，舟楫可通，无险阻之患。从两岸会口至雅克萨城，马行可一月程，舟行逆流可三月程。舟行虽稍迟时日，凡军饷、重器皆可至于雅克萨城下。”康熙帝基于此决定改变筑城地点，正式下令在“黑龙江建城永戍”。

　　1683年(康熙二十二年)十月清政府将宁古塔所辖的西部地区划出，设置黑龙江将军衙门，并任命萨布素为镇守黑龙江等处地方将军。同时，任命礼部侍郎温岱为左翼副都统，给事中雅齐纳为右翼副都统，与将军同驻瑷珲城。随后，萨布素亲率宁古塔、吉林、达呼尔兵丁开始在江东精奇里江口明代忽里平寨旧址上筑城，并请求“来年迁移”。萨布素并未利用瑷珲城这一有利防御的城池，向盘踞在雅克萨的沙俄侵略者发动攻击，反而将城池周围的田禾踏毁，并上奏朝廷：“今年雅克萨地方暂停进剿，俟来年四月遣兵。”与此同时，萨布素上奏康熙帝，奏请在江右岸达呼尔族城堡——托尔加城旧址上重新筑城，随后清政府派奉天副都统穆泰率盛京兵600人协助筑城。1685年(康熙二十四年)萨布素上奏康熙帝将黑龙江将军移驻江右岸瑷珲城。

　　1690年(康熙二十九年)黑龙江将军移驻墨尔根城(今嫩江县)，1693年(康熙三十二年)，一员副都统移驻墨尔根城，一员副都统留驻瑷珲城，成为专城大员，遂于瑷珲城设立黑龙江副都统衙门，也称瑷珲副都统衙门，成为黑龙江将军下设的八大副都统之一。

　　副都统，满语为“梅勒章京”，是清代执掌一城地方建制的最高军政长官，其主要职责是各守分地以佐将军之治，初设委官、协领、笔帖式等辅之。随着管理事务增多与繁忙，副都统衙门逐步添设了印务处、兵部、刑部、户部、工部等机构。黑龙江副都统衙门是清代八旗驻防瑷珲地方的军事机关，隶属于黑龙江将军衙门管辖，总理本地区的军政、外交、旗务，兼管民刑等项事宜。庚子俄难后，副都统为衙门改设文案处、善后局、交涉局、裁判处、营务处、垦务局等机构。历任黑龙江城副都统有温岱、舒凌阿、依克唐阿、寿山、姚福升等61人。庚子俄难期间，由于沙俄入侵和占领瑷珲，使具有二百余年历史的瑷珲古城变成一片瓦砾，副都统衙门档案被焚毁抢掠一空，黑龙江城副都统衙门一度迁至齐齐哈尔。

　　1906年(清光绪三十二年)春，黑龙江将军程德全委派副都统鄂龄赴瑷珲收复失地，并将副都统衙门设在西三家子屯。1907年(清光绪三十三年)2月姚福升奉命署理瑷珲副都统，并抵达瑷珲城西三家子屯接印视事。为捍卫国家主权和民族利益，同年3月瑷珲副都统姚福升亲自带人赴海兰泡(今俄罗斯布拉戈维申斯克)与沙俄阿穆尔省总督古思敏交涉，最终使俄军从瑷珲、黑河撤兵，收复了瑷珲副都统衙门等失地。俄军撤走后，瑷珲副都统姚福升即向黑龙江将军奏报《咨报收复江右地方文》，并提出在瑷珲城旧址的西北重建新城，1907年11月瑷珲副都统衙门竣工并从西三家子屯搬入办公。1909年(清宣统元年)清政府裁撤瑷珲副都统衙门，改设瑷珲兵备道。几经变迁，历经沧桑，具有227年历史的黑龙江城副都统衙门退出了历史舞台。