黑河市因地处边疆，开发较晚，使得生态保持完好，河流和土地没有被污染。将境内河流分为黑龙江、嫩江两大水系，共有大小河流631条，其中流域面积在50平方公里以上的河流有242条。全市地表径流总量105.57亿立方米，其中：南部三市、县地表径流量40.5亿立方米，北部三县、区地表径流量65.07亿立方米。全市水资源总量135.9亿立方米，其中地表水资源105.57亿立方米，人均占有量是全国的2.6倍，是全省的3.5倍。全市有天然水面96万亩。充沛的水资源为冷水鱼生长提供了优越的自然条件，大马哈及“三花五罗”等名贵鱼种18科58属87种。