1840年鸦片战争爆发后，沙俄不断骚扰和入侵我国东北地区，边疆危机日趋加重，1858年清政府被迫与沙俄签订了丧权辱国的《瑷珲条约》，使原本是中国内河的黑龙江成为中俄两国界河。“中俄分江而后，大黑河屯即为通商口岸”，瑷珲(黑河)与布拉戈维申斯克成为远东地区中俄贸易的前哨，两岸互市频繁，由此揭开了黑河海关百年变迁的序幕。

　　清末民初，黑河海关经历了洋人帮办、日伪强占的历史阶段，有四次开关、三次闭关及四次易名的不寻常历程。瑷珲海关是黑龙江沿岸最早设立的海关，也是我国历史上黑龙江流域最大的通商口岸。瑷珲海关的前身瑷珲分关于1909年设于瑷珲，是日俄在我国东北争夺、利益瓜分的产物。1905年12月22日，日本在日俄战争中获胜后强迫清政府签订《会议东三省事宜正约》，其附约中议定东北16个地方(含瑷珲)对外开埠通商。1907年7月8日，中俄签订《北满洲税关章程》，清政府应约允准在齐齐哈尔、瑷珲设立税关。1908年，总税务司遵照清政府旨意，派人到瑷珲调查、筹办建关事宜。1909年7月14日，由哈尔滨海关税务司署草拟的《瑷珲分关暂行试办章程》获准对外公布。瑷珲分关于当年8月1日在瑷珲开关，同时，在大黑河、陡沟子、梁家屯等地设立分卡。该《章程》于1910年12月修订，裁撤陡沟子分卡，由梁家屯分卡负责稽查往来齐齐哈尔、瑷珲、黑河陆路货物。

　　1911年瑷珲分关因瑷珲商业凋落，黑河又与布市隔江相望，移址于黑河，仍隶属于哈尔滨海关，原瑷珲之关改为分卡。瑷珲分关时期，监管区域为瑷珲县、呼玛县、萝北县、漠河设治局、乌云设治局、奇克特县佐。瑷珲分关因监管进出境船舶、进出口货物逐年增加，于1921年1月1日升格为独立正关，直属北京税务处和总税务司署，称瑷珲海关。设瑷珲海关税务司署，隶属于总税务司署，负责本关一切关务工作。9月，设立瑷珲海关监督公署，与瑷珲海关税务司署并列，隶属于税务处(后期为财政部及关务署)，对瑷珲海关税务司署行使监督权，历任监督均由地方最高长官兼任。1923年苏联于黑龙江边界长驻军队，禁止华方船商入界，黑河道尹公署根据上级指令也封锁了黑龙江边界，禁止苏商入界。关钞一时大为减少，当年7月，瑷珲海关设立小黑河分卡，10月卧牛河分卡正式开办，两卡负责查核往来黑龙江货物。1924年11月1日梁家屯分卡奉令裁撤。1929年11月8日，瑷珲海关因“中东路事件”闭关，1930年5月16日重新开关。1932年9月26日，由于日军大举向北侵犯，瑷珲海关税务司署奉令停止办公。同时，瑷珲海关监督公署奉省政府令组建税务处，接办原税务司署职责，于10月12日启用关防，并拟定《瑷珲海关监督公署税务处暂行章程》。瑷珲海关时期，监管区域曾为漠河县、鸥浦县、呼玛县、瑷珲县、奇克县、乌云县、佛山县、萝北县、逊克县设治局。

　　中华人民共和国成立前，掌管瑷珲海关大权的八任税务司皆为洋人，同其他关一样，洋人办理关务，清廷关税不能自主。不仅历任总办、监察长、税务司皆为洋人，而且内外班要职也由洋人充任。华人多数充当巡役、文案、水手、马兵、听差等下级职位，在工薪、升迁、福利待遇等方面也相差悬殊。瑷珲海关除具有监管、征税、查缉走私、编制海关统计职能外，还负责查验护照，兼管黑龙江航务、港务、水文、气象等。1909年至1920年，瑷珲海关只征收进口正税和出口正税。根据1907年《北满洲税关章程》，中俄两国边境贸易在百里内均不纳税，百里之外需纳进口正税或出口正税。1913年1月，俄国首先废除免税地区的规定，1914年8月，中国亦加以废除。1922年瑷珲海关征收复进口税、子口税、船钞(江捐)。1929年2月10日，瑷珲海关实施国民政府颁布的第一个国定税则，开征附加税。1931年1月1日，取消复进口税、子口税，开征转口税、关税附加税、救灾附加税。

　　1933年1月25日，日军侵占黑河，1月31日强行接收瑷珲海关，更名为哈尔滨税关黑河分关，沦为日本帝国主义操纵黑河经济命脉的工具。1935年12月闭关。瑷珲海关是迫于当时日本的压力而设立，又由于日本入侵黑河而结束。黑河海关所经历的过程都是在被动的过程中由开始到结束，无论是软弱的晚清政府还是腐败的国民政府，都未能实现海关的真正自主。

　　中华人民共和国成立后，黑河海关的发展则与中苏关系及两岸贸易息息相关。1957年8月，中苏友好结盟促成黑河与阿穆尔州开展边境地区间小额贸易，哈尔滨海关不定期派人到黑河执行监管任务。1957年，国务院批准黑河口岸开放，当年10月10日边境小额贸易开始过货，海关工作由专署公安处代管。1960年6月1日，成立中华人民共和国哈尔滨海关黑河工作组，1962年4月18日，黑河工作组改为中华人民共和国黑河支关。1967年，中苏关系恶化，黑河边境贸易站已不能坚持正常工作，双方边境小额贸易停止。1973年，黑河支关撤销。

　　20世纪80年代，随着世界形势的变化，中苏关系缓和。1978年12月18日，中国共产党十一届三中全会召开，确定了改革开放的方针，两岸之间的边境贸易再次被提到两国政府的议事日程。1983年，两国政府分别批准恢复黑河贸易口岸和布拉戈维申斯克贸易口岸。1984年，时任中共中央总书记的胡耀邦在视察黑河时提出“南有深圳，北有黑河，南深北黑，比翼齐飞”的战略构想。边境城市黑河迎来了发展的春天，开启了沿边开放的新时代。1985年4月1日，为适应对苏贸易不断发展的需要，经海关总署批准开通黑河口岸。1985年9月10日，黑河海关正式恢复建关，隶属于哈尔滨海关。1992年，国务院批准黑河为全国首批沿边开放城市，并给予优惠政策，黑河的“边贸热”骤然升温，中外客商云集黑河，全国各地纷纷在黑河设立办事处和边贸公司，黑河边境贸易达到高潮。黑河海关迎来了新的发展时期。

　　黑河海关经历了百年沧桑，是中国海关史的缩影，见证了中俄贸易的发展历程，也警示着后人唯有国家独立才能实现海关的真正自主，才能掌握国家经济的命脉。