清朝初期，为抵制沙俄侵略，清政府不断采取措施，加强黑龙江的军事和经济力量，在一定程度上为黑龙江的教育发展创造了有利条件。康熙三十二年(1693年)开设的宁古塔官学，是黑龙江最早的官学，墨尔根则是黑龙江西北部地区最早建立官学的地方；乾隆九年(1744年)墨尔根创办义学，早于乾隆十五年(1750年)设的宁古塔义学，为黑龙江最早的义学

　　据《黑龙江将军衙门档案》记载：黑龙江将军萨布素于康熙三十三年(1694年)11月 16日上奏朝廷，请求在黑龙江地方设立八旗官学。康熙三十四年(1695年)，墨尔根设左右翼官学，从新满洲每佐领各选幼童一名，入学肄业。以笔帖式若干人为教习，课清文(满文)、书艺、骑射，日课一二个时辰。同时，其管辖的齐齐哈尔、瑷珲城各设学官一员，分理学务，各城凡八旗子弟愿入学者，由各旗协领保送至墨尔根，墨尔根地方两翼官学，学生多时达百余人(即每翼五十人)。对于设立墨尔根官学，相关史料也有详细记载。《清实录》记载:“礼部议复，黑龙江将军萨布素等疏言，墨尔根地方两翼，应各立学，设教官一员。新满洲诸佐领下，每岁各选幼童一名，教习书艺。应如所请，从之。”康熙三十八年(1699年)，黑龙江将军衙门移驻齐齐哈尔，墨尔根地方两翼官学随停办。据《黑龙江将军衙门档案》之《将军萨布素为拆除学房、衙楼将木料结排送来事给墨尔根城协领霍托、总管塔勒呼兰的咨文》记载： “著将学校之三间房屋，以及衙门的一座楼拆除，派出官兵，结成木排送来。”而在原设官学迁走后，墨尔根城亦如以前齐齐哈尔城一样，设立有自办学校。

　　康熙五十八年(1719年)，驻墨尔根八旗军重设满官学一所，仍以笔帖式为教习，课清文(满文)、骑射，学生定额十六名，每佐领选幼童一名充之。清光绪《墨尔根志》卷八学校志对此也有详细记载: “满官学三间，大门一间，照壁一座，以及缭垣，康熙五十八年建。在东门内，设教习学官一员，由笔帖式内选用，三年期满分别等第出考，送部引见。额定学生十六名，由每佐选取俊秀幼童各一名，教习书义，有文艺、清语稍通者，各司挑充帖写。”而后黑龙江八旗官学曾一度为朝廷以“甚属无用”为由而裁去停办。

　　乾隆九年(1744年)，清政府又决定在黑龙江地方重设官学，墨尔根八旗协领、佐领于城内建草堂五楹，设满官学一所，每佐领额送幼童一人肄业。对此《盛京通志》记载： “墨尔根官学一所，在城内。乾隆九年建，八旗每佐领名下额送学生一名肄业……”复设的墨尔根官学不再是分左右翼各设一学，而是仅设一学，其生童招收的数额标准则未变，仍是每牛录一人。《大清一统志》记载： “墨尔根官学在公署后，共十七佐领，每佐领学生一名……”清朝初期，墨尔根所办八旗官学，时兴时废，时办时停，极富边塞教育特点。

　　墨尔根八旗官学设立之初，萨布素提出： “补放教习官之人，拟从我处挑选俊秀之人，将名字送于吏部。”后来又为朝廷否决，墨尔根城官学的助教，最终是定以京城、盛京的八品笔帖式来充任的，无疑为的是保证墨尔根城官学的教学质量。相比之下，由地方自行筹建的齐齐哈尔、瑷珲等处学校，其地位则要低上许多，这些学校并没有朝廷额设的学官，其教师只称“师傅”，都只是从本处的识字兵丁中临时选人充任。

　　墨尔根八旗官学最初使用的教书是从盛京(今辽宁省沈阳市)和北京贩来的《推咀》(类似汉文的《百家姓》)《杂字》以及译成满文的《三国演义》《封神演义》。为了使学生们能够进一步习得各类文化知识，内地经史著作成为教学书籍。据《黑龙江将军衙门档案》之《副都统喀特呼为请领官学书籍事给礼部的咨文》《礼部为将墨尔根城官学所需书籍发往事给将军萨布素的咨文》记载：康熙三十六年(1697年)，应助教官舞格、雅图的要求，墨尔根城副都统喀特呼行文礼部，为墨尔根城左右翼官学请领书籍。至年底，礼部乃照盛京、乌拉

　　官学之例，自詹事府、翰林院办得《资治通鉴》《四书》《书经》《大学衍义》等书籍各两部，总计80函，交由助教官舞格带回墨尔根城。这些书籍送抵墨尔根之后，一部留供本城两翼官学使用，另一部则马上被分批发往瑷珲、齐齐哈尔等处，交与当地学童誊抄，以便其能一体学习。

　　墨尔根八旗官学办学之初，只能支拨有限官款，作为官学起步经费。而后，开垦荒地为学田，从而学田地租成为解决办学经费的主要来源。光绪三十一年(1905年)7月 20日，墨尔根预留学田3000亩，充作办学经费。光绪三十四年(1908年)3月 12日，清廷准东三省总督徐世昌等奏，令墨尔根副都统查明种地旗户有无土地，照省城之法办理，可参照布特哈成案，将荒价酌提二成，以为办理各项实业、教育之用。