近年来，五大连池市在推进生态市建设过程中，坚持“源头控制，防治结合”的原则，着力解决农业和农村面源污染问题。提高农业科技化含量，控制化肥、农药施用。近年来，五大连池市加大了无公害农产品和绿色、有机食品开发力度，通过采取测土配方施肥、生物多样性栽培、农业综合开发等措施，严格控制化肥、农药施用，既降低了农业生产污染，也提高了农产品质量。目前，这个市已被列入黑龙江省8个无公害农产品一体化认证试点县(市)之一，已完成无公害农产品区域认定面积160万亩，认定无公害农产品166个。

　　规范养殖，消减废弃物排放。这个市坚持“统一规划、集中处理”的原则，规范养殖农户的养殖废弃物处理方式，要求对养殖液体进行沼气化处理，固体废弃物加工为有机肥等，有效消减了养殖废弃物对环境造成的污染。

　　加强农村设施建设，降低农村面源污染。近年来，该市加大了农村基础设施建设力度，在农村人口居住密集区、人口流动频繁区、村内公共活动区等场所建立了垃圾收集点，基本实现了生活垃圾的集中收集。同时，通过推广“一池三改”，鼓励和扶助农民建沼气池，将可分解垃圾进行沼气化处理，既优化农村能源结构，又能促进种植养殖业发展，并有效解决了农村的面源污染。