随着农村实行联产承包责任制后的集体经济解体，随着城乡二元结构性矛盾的日益突出，随着城乡差距一步步拉大，农民健康保障面临严峻挑战。尤其在2003年抗击“非典”过程中更严重地暴露出我国农村公共卫生体系和三级卫生服务网络存在的许多薄弱环节。农村卫生事业投入严重不足，医疗卫生体制改革严重滞后；农村三级卫生服务网络很不健全，运营困难；农村医疗卫生机构机制不活，设施陈旧，人浮于事，效率不高；农村卫生技术人才匮乏，服务水平和质量低下；农村合作医疗随着农村经济转轨几经曲折，全面萎缩。同许多发展中国家一样，我国目前的农村医疗卫生状况、农民健康状况令人担忧。农民因病致贫、因病返贫问题突出。所有这些不仅严重威胁着农民的健康，也严重影响了农村经济发展和社会稳定，制约了农民脱贫致富奔小康。

　　党中央、国务院始终关注着农民的生活和健康，为了让农民得到医疗保障，减轻农民医疗负担，决定在全国推动建立新型农村合作医疗制度，并决定由中央财政和各地方财政投入合作医疗专项资金。引导扶持开展新型农村合作医疗，中央出台了一系列指导性文件，2003年新型农村合作医疗制度在各省市的部分区县开始试行。