新型农村合作医疗制度与旧合作医疗制度相比有了长足的发展和创新，具体表现为：

　　加大了政府支持力度。过去各级政府对合作医疗的支持主要是宣传、组织和发动，而新型农村合作医疗明确规定中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民每年按人均15元至20元给予补助，地方财政对参加新型农村合作医疗的农民每年按人均不低于10元给予补助，进一步完善了个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。

　　突出了以大病统筹为主。以往的农村合作医疗，除少数地区外，大多将保障的重点放在门诊或小病上，即“保小不保大”，或者“保医不保药”，而新型农村合作医疗将重点放在迫切需要解决的农民因患大病而导致贫困的问题上，对农民的大额医药费用或住院医药费用进行补助，保障水平明显提高。

　　提高了统筹层次。改变了过去以乡、村为单位开展合作医疗的做法，要求以县为单位统筹，条件不具备的地方可从乡统筹起步，逐步向县统筹过渡，增强了抗风险和监管能力。

　　明确了农民自愿参加的原则，赋予了农民知情权和监管权，提高了制度的公开、公平和公正性。

　　由政府负责和指导建立组织协调机构、经办机构和监督管理机构，加强领导、管理和监督。

　　建立医疗救助制度，通过民政和扶贫部门资助贫困农民参加新型农村合作医疗，照顾到了贫困农民的特殊情况。